El estado de estas bóvedas en época fundacional puede también comprobarse en el famoso grabado «Hatfield House», que puede fecharse hacia 1576, en el que puede verse como la cripta y los escalones del Presbiterio aún no se habían acabado.

El Quinto Diseño de Herrera explica muy claramente el uso de estos espacios: hay un espacio abovedado debajo del altar mayor y encima del Panteón de Reyes, que Herrera(34) marca con una B ("Lugar de entierro de cuerpos reales").

Sección por el Panteón según el "quinto diseño" de Herrera

El 7 de julio de 1576 comienzan a trabajar en estas criptas los canteros Francisco de Arellano, Diego de la Peña, Francisco de Velayos y Bartolomé Esteban. Se acabó ese mismo año, aunque los pagos se alargaron hasta 1585, año en que se terminó de dar yeso a la obra de la bóveda(35). Hablaremos más adelante de la calculada y jerárquica disposición de los ataúdes, ya que su relación con las estatuas situadas justo encima es la clave para entender esta sección.

En 1598 se realizó el entierro de Felipe II, que los cronistas no suelen describir, optando por las más espectáculares últimas semanas de vida del monarca. Apenas cortos fragmentos sobre los funerales, muy poco en comparación con el tratamiento que el jerónimo dio al traslado de los cuerpos reales de 1586.

De esa manera sabemos por Sigüenza que, tras los sencillos funerales del 13 de septiembre de 1598, dificultados por la necesidad de trasportar el ataúd real, que tenía una caja de plomo dentro, se veló el cuerpo en la sacristía, y se colocó el lunes siguiente encima de un túmulo "en medio del cuerpo de la iglesia", junto a otro construido para el Emperador.

El martes se llevó a la "bóveda, donde están sus padres y las demás personas reales"(36). El acceso a las Criptas Reales estaba prohibido, y el acto, que podríamos calificar de íntimo, sólo es descrito en los Passetemps de Jehan Lhermite (1560-1622), humanista flamenco de la Cámara real, que alababa la humildad de las blancas paredes de estas bóvedas,(37a) en la Historia brieve del'agustissima Casa D'Austria de Paolo Morigi (Milán 1525-1604)(37b) y en la Historia Pontifical del monje aragonés Marco de Guadalajara(38). Estos tres documentos excepcionales y poco conocidos son imprescindibles para conocer el boato con el que se enterró a Felipe II y el resto de su familia, a la vez que introduce un dato nuevo: se iban a colocar nuevas estatuas en las seis capillas bajo las estatuas orantes del presbiterio. En la parte del Evangelio, se situaría a Carlos V, la Emperatriz Isabel y la reina Juana la Loca, su madre. En la parte de la Epístola, Felipe II, con su mujer y el príncipe don Carlos.

Un siglo después, Felipe IV trasformó esta cripta en la sacristía del nuevo Panteón de Reyes(39). La cripta, que contrasta con la riqueza del Presbiterio escurialense, se construyó de acuerdo con la voluntad del Rey Prudente, con un claro antecedente en la austeridad pedida en el testamento de Isabel la Católica en Granada, el 12 de octubre de 1504(40). El acabado es de yeso, la altura baja, los ataúdes se apoyan en sencillos bancos de madera, apoyados unos contra otros; no cabe más austeridad.

Fue precisamente el no entender esta sencillez en los acabados lo que propició comentarios despectivos como el de un sermón del Padre Ayala en 1601(41). Aún comprendiendo los argumentos del clérigo, debemos hacer notar que son los mismos que suelen utilizarse para alabar el carácter austero de Felipe II, carácter que aún encuentra adecuada expresión en sus habitaciones privadas (láms. 7 y 8).